大三巴哪咤廟始建於清光緒十四年（1888年），改建於清光緒二十七年（1901年）。廟內供奉神話人物托塔天王李靖三太子哪咤。當年澳門瘟疫流行，死人無數，該區坊眾以本區並無神廟壓邪，乃與柿山坊眾商議，擬請柿山之哪咤神來大三巴，建廟奉祀，但遭反對，屢洽不果，於是自行建廟。

哪咤廟與大三巴牌坊建於同一山坡上，依附在另一澳門文物舊城牆一側，建築深8.4米，寬4.51米，為兩進式磚木建築，中間沒有天井，是傳統中式廟宇中較罕見的例子。建築主要由相連的門廳及正殿組成，正殿進深5 米，四面牆體均以青磚築建而成，青磚表面抹灰並重新劃上磚線，屋頂為傳統硬山式，正脊高5 米，檐口高3 米多，整體主要以灰色為主，除山牆上有少許草尾點綴外，一般不作裝飾。

正殿入口前是哪咤廟之門廳，它是一歇山式建築，由於缺少了天井這過渡空間，其部分屋頂重疊於正殿屋頂上。門廳三周不砌牆，祗以黑色木欄柵圍繞。整個屋頂之重量，由正面兩條石立柱及插入正殿山牆之木樑承托，建築正脊有鰲魚及寶珠襯托，垂脊呈飛檐狀。建築整體裝飾簡約，即使裝飾最多的地方，也祗是位於兩重疊屋頂間之空間裏，整體風格內歛平實。

由文化局籌建、大三巴哪咤廟值理會和街坊們支持的大三巴哪咤展館建於廟旁，於2012年開幕，向公眾講解哪咤信仰及節慶歷史文化。

展館為傳統與現代相互結合的建築，室內、外空間總面積約70平方米，館內介紹哪咤傳說和節慶，展示哪咤誕使用的珍貴實物，如宗教儀式中的香爐、信眾鈐印所用的哪咤印符、哪咤簽；出巡時使用的哪咤鑾輿、幢幡、舞獅頭；以及搶炮活動中的花炮神像。

館內亦展示了哪咤節慶的影片，又以電子書形式展現數十年來慶祝活動的舊照片，讓市民見證這項傳統節慶的歷史與變遷。此外，展館內的八幅哪咤水墨漫畫，由本地著名漫畫家陳偉輝（亞正）創作，以生動活潑的方式說明哪咤傳說的由來。透過以上的陳列與展示，參觀者可進一步了解哪咤信俗的意義，並感受本土節慶的熱鬧氣氛。同時，館內展示了原址經考古發掘後出土的部份文物和建築殘跡，經專家推斷，此處的石砌牆基為聖保祿教堂西翼的重要組成部分，現成為了重要的歷史遺跡。