澳門海事博物館位於媽祖閣前地一號，座落於相傳是當年葡萄牙人首次登陸澳門的位置。澳門歷史與中國以至世界航海史有著密不可分的關係，所以澳門設立海事博物館是最合適不過，於這個別具意義的地點，向居民及遊客訴說澳門的海事文化故事。博物館建築正面仿照船頭的設計，從海上望去，就像一艘帆船停泊在媽祖閣傍，準備揚帆出海。

早於20世紀初，時任澳門港務局長阿瑟卡蒙拿海軍少將就已提出成立海事博物館的構想，1919年已於港務局大樓大廳設立海事及漁業博物館，展示澳門常見船隻及漁具。後於1934年遷往位於外港的葡國空軍飛機庫，收藏幾百個魚類標本等展品，可惜被美國空軍於二戰時懷疑飛機庫藏有日軍汽油，於1945年1月16日空襲而炸毀繼而閉館。

至1986年，時任海事署長蘇勵治海軍中校提出建立海事博物館，選址於媽閣廟前地一座富有40年代風格的葡式大樓，於1987年11月7日揭幕，廣受居民及遊客觀迎，令當局考慮需要一座較大的展覽館，博物館現址於1990年6月24日開幕，選擇6月24日是因為相傳當日是葡萄牙人首次登陸澳門的日子。原海事博物館則改為辦公大樓之用。

海事博物館的展覽館由海事民俗展覽廳、海事歷史展覽廳、海事技術展覽廳以及水族館四個展區所組成。海事民俗展覽廳展出澳門及南中國其它地區的漁民傳統及藝術，當中尤以四幅活動佈景組成一齣描述媽祖傳說的戲劇《媽閣廟的故事》最受歡迎，它把媽祖保護人們安全到達濠鏡海港的美麗傳說生動地呈現在觀眾的眼前。海事歷史展覽廳集中展示十五至十七世紀與葡國及中國有關的海事歷史，展品內容包括地理大發現時期葡國航海家使用的船隻模型。透過電子路線圖，更可清楚看到當時航海家所開發的航線。海事技術展覽廳在最高一層，主要展出有關航海技術海上交通、疏濬及其它航海方面的展品。其中包括一座模型展示東望洋燈塔對航海的重要性，它是中國沿海的第一座燈塔，直至目前，仍然是指引船隻進入澳門的標記。水族館內設有不同主題背景的水族箱，代表不同的水底環境；有代表河流的河床；反映海港的水域，以及模擬藏有沉船遣骸的深海水底。參觀者可欣賞到不同魚類及軟體動物學的展品，更可觀賞到來自世界不同角落的貝殼。