蓮峯廟與普濟禪院和媽祖閣並稱澳門三大古剎，相傳始建於明朝末年，但據廟內碑文記載，該廟鼎建於清雍正元年(1723年)。

廟宇初建時主要供奉天后娘娘，古名為天后宮（天妃廟）。到清雍正元年(1723年)擴建後，更名為慈護宮。由於廟內供奉了觀音菩薩與關聖帝君，而匾額卻只有「天后」、「天妃」字樣，遂有改名之議，直到清嘉慶年間，香山縣縣令許乃來按西嶽華山廟的先例，手書門額「蓮峯廟」三字，從此天后宮改成了蓮峯廟。名為「蓮峯」是對其位置的描述，今望廈山原名為蓮峯山，廟宇依河而立，有蓮香四溢，因而得名。到光緒年間廟宇大修時，才將此三字作成匾額，高懸於廟門之上。乾隆年間又重修，名為蓮峯新廟。因常為清朝官吏的臨時駐節處，故又有官廟之稱。

整座建築物屬典型廟宇建築，橫連三間，前後兩進。首進的中殿供奉天后娘娘，殿前有方亭一座，曾為清朝官吏辦案的駐節處之用；二進的中殿供奉觀音。首二進之側殿分別供奉其他神祇。清朝時曾經五次重修，方成現今之規模。建築佈局由一條主軸線以及東西兩條次軸線組成，建築結構以木構抬樑式為主，中間以巷道相隔。主軸線排列著拜亭、天后殿和觀音殿，東面的次軸線排列著仁壽殿、文昌殿和金花痘母殿，西面的次軸線排列著武帝殿等。

1839年，兩廣總督林則徐被任命為欽差大臣，堅決實行禁絕鴉片措施，在虎門銷毀二百多萬斤鴉片。由於當時澳門是鴉片集散地，林則徐遂於同年七月來澳巡視，並於天后殿前天階的亭台，會見葡萄牙官員，亭台今日仍舊保存，屋簷後懸有一「心」字匾額，寓公正判案之意。

廟旁保存了刻有葡萄牙盾徽的石塊（又稱「亞婆石」），以紀念1849年8月22日澳門總督亞馬留總督在此地被刺殺。

廟內藏有的雲水僧釋童真大師的二字掛匾「妙觀」和一幅展示歷史和神話的立面浮雕等珍藏，都增添了蓮峰廟在歷史和藝術上的價值。廟內有一石荷池，每當夏日荷開，蓮葉滿塘，香遠益清；還有一幅栩栩如生，砌有神龍、巨鯉的壁畫，造型奇特。

該廟值理會於1920年創辦蓮峯普濟學校，初名「蓮峯男義校」，以識字班的形式辦學，初期只有幾名學生，於廟裡的神殿前授課，一行行書桌和木椅放在神殿裡面，黑板掛於殿裡牆上，至六十年代更名為蓮峯普濟學校。值理會主席龔樹根於1976年起擔任該校校長，並於1995年加入免費教育網絡，成為一所非牟利私立佛教學校。

蓮峯廟慈善值理會於2008年在蓮峯普濟學校旁廟宇建築物內，成立蓮峯慈善綜合診療中心，是澳門獨一無二的廟宇醫務所，向社會大眾提供收費低廉的醫療服務，更向長者提供一定名額的免費醫療服務，費用由值理會承擔。

廟宇向信眾以至市民大眾提供教育及醫療服務，一方面體現中國傳統廟宇作為整個社區中心的功能外，在今時今日的社會，亦是社區辦學、社區醫療的重要實踐。盼望社會在重視蓮峯廟的歷史地位作保育以外，能更大力度支持廟宇的社區功能，因為社區基層功能發揮得好，也同時能減輕政府在教育及醫療上的負擔，可謂一舉兩得。